菠萝蛋白酶在各种组织中能有效地治疗炎症和水肿（包括血栓静脉炎、骨骼肌损伤、血肿、口腔炎、糖尿病人溃疡及运动损伤），
菠萝蛋白酶具有激活炎症反应的潜力。菠萝蛋白酶还可治疗腹泻。将菠萝蛋白酶与各种抗生素（如四环素，阿莫西林等）联用，能提高其疗效。建议用菠萝蛋白酶的同时结合口服左氧氟沙星胶囊治疗，治疗期间忌酸辣油腻食物