抗青光眼手术是先天性青光眼的首选治疗。青光眼的手术方式有多种，儿童青光眼的手术方式与成人不同，应首选小梁切开术，非晚期的婴幼儿型青光眼其成功率远远超过其他术式。对晚期病例、合并其他先天异常的病例、或已做过手术而眼压不能控制的病例可以再次做小梁切开术或采取联合术式。
先天性青光眼的药物治疗不为首选，一是药物治疗效果欠佳，长期用药难以控制眼压，再有药物都有不良反应，目前绝大多数抗青光眼药还没有儿童使用安全的试验证据