原发性硬化性胆管炎的病因尚不清楚,理论上致病因素包括毒物,感染因素或免疫紊乱.虽然肝内铜含量增加,但用青霉胺治疗并无明显降低,说明肝内铜含量增加是一种继发现象（正如在原发性胆汁性肝硬化时）.尽管巨细胞病毒和Ⅲ型呼吸肠道病毒对肝内胆管有影响,但患原发性硬化性胆管炎的患者很少有上述病毒感染的证据;免疫功能失调可能是主要的病因,常见于自身免疫性疾病的HLA-B8,HLA-DR3与原发性硬化性胆管炎的发病有关.已证实免疫系统调控失调及T淋巴细胞参与了胆管的破坏。
（1）肝外胆管节段狭窄者可切除狭窄部胆管行胆管空肠Roux-en-Y内引流术,吻合口可置支架引流管或通过左右管肝管长期置“U”型硅胶引流管.（2）弥漫性胆管狭窄者,如有肝门部胆管狭窄明显加剧者,仍可行以上手术,支架管放置时间应更长,甚至终生带管,可收到一定的疗效.（3）持续性黄疸伴胆汁性肝硬化或弥漫性原发性硬化性胆管炎不能用常规手术方法纠正其狭窄者,首选的外科治疗方法是同种异体原位肝移植.