治疗肝内胆管结石主要采取以手术为主的综合治疗方法：手术治疗：目的是尽量取净结石，解除胆道梗阻和狭窄，消除肝内感染性的病灶，从而使胆汁的排出畅通。手术的方法主要有：①高位胆管切开取石；②胆肠内引流；③消除肝内感染性病灶等。
中医治疗：在手术和其它综合治疗的同时，患者可配合针灸和服用消炎利胆类中药，以控制炎症，促进结石的排出