慢性萎缩性胃炎是指胃粘膜已经发生萎缩性改变的慢性胃炎，慢性萎缩性胃炎又可以分为多灶萎缩性胃炎和自身免疫性胃炎两大类。前者萎缩性改变在胃内呈多灶性萎缩，以胃窦为主，多由幽门螺杆菌感染引起的慢性非萎缩性胃炎发展而来，后者萎缩性改变主要在胃体，多由自身免疫引起的胃体胃炎发展而来。
1，根除幽门螺杆菌治疗：适用于伴有胃粘膜糜烂、萎缩及肠化生、异型增生者；伴有消化不良症状者，伴有胃癌家族史者。推荐应用3联疗法根除幽门螺杆菌。幽门螺杆菌根除治疗的理想方案应是：联合用药，疗程7～10日，幽门螺杆菌根除率达到或超过90%，不易产生耐药性，费用低廉，效果持久，不易复发。现主要采用质子泵抑制剂加两种抗生素，如奥美拉唑与克拉霉素和甲硝唑联合应用根除幽门螺杆菌。
2，对消化不良的治疗：慢性萎缩性胃炎伴有消化不良的症状者，可给予抑酸抗酸、促胃肠动力药，胃粘膜保护药硫糖铝，枸橼酸铋钾等及中药等。
3，对自身免疫性胃炎的治疗：目前尚无特异治疗，伴有恶性贫血时给予注射维生素B12.
4，对异型增生的治疗：异型增生是胃癌的癌前病变，对重度异型增生应该预防性手术，目前我国多采用内镜下粘膜切除术。
5，中医中药治疗：萎缩性胃炎属中医的痞满，胃脘痛的范围，难以治疗，应根据患者实际病情给予辩证论治，一般给予升清降浊，清热养阴，消积通瘀治法。
6，针灸治疗：可取穴足三里，肝俞，胃俞，近年来有报道向穴位注射黄芪、当归注射液后，可使幽门螺杆菌阳性的萎缩性胃炎患者免疫球蛋白和补体的含量由高值恢复至正常值。显示出针灸疗法对机体免疫的调节作用