非淋菌性尿道炎在临床上出现尿道炎的表现，但较淋病为轻，尿道分泌物呈粘液性或粘液脓性，量较少，常需用手挤压尿道才能溢出。由于其潜伏期1-3周、常在淋病治愈时出现，而又被称为“淋病后尿道炎”。
潜伏期1-3周，平均2周。以前可有淋病史或不洁性交史。30%-40%男性，80%-90%女性无自觉症状，或者症状很轻未能引起患者注意。典型症状为尿痛及尿道少许粘液性或粘液脓性分泌物，量少，有时需要挤压前尿道才能发现少许分泌物