巧克力囊肿可在宫腔镜的窥视下看到子宫内膜样组织，由于这种囊肿内潴留的陈旧血瘀如巧克力糊状的颜色，故称它为“巧克力囊肿”。虽然这种病初起只见有小型囊肿，但拖延日久不去重视治疗，或坚持服药，则每次月经来潮前后腹痛剧烈，患者多因异位的子宫内膜组织，在卵巢激素的影响下，发生周期性充血、出血及剥脱等月经样变化，故又称它为“卵巢子宫内膜异位症”。
确诊后宜立即手术，因流出的囊液可引起盆腔粘连、不育或异位内膜的再次播散和种植