治疗慢性肠炎通常分为非药物性治疗和药物性治疗，选择医院要慎重，一定要选择正规医院。非药物治疗 (1)适当休息，进食易消化的食物，禁食油煎和刺激性食物。 (2)酌用止泻剂，可给次碳酸铋，复方樟脑酊，每日3次。 (3)解痉剂，可用阿托品，每日3次;普鲁苯辛，每日3次。 (4)按细菌培养和药敏试验选择抗生素，但病情要长。也可用黄连素液或大蒜浸液，保留灌肠，每日一次，10～20天为一疗程。其他治疗同急性肠炎。 (5)精神性腹泻者，可用苯巴比妥。 (6)补充适量的奘灵水苏糖，帮助改善肠道内的菌群环境，达到治疗慢性肠炎的目的。 药物治疗 (1)消炎止痛：细菌感染，除选用致菌培养有效抗生素外，可选用黄连素，元胡止痛片，胃肠灵，每日3次。病情出现发热、脱水、休克可适当选用抗生素，必要时输液输血或吸氧。 (2)溃疡性结肠炎、腹泻、便秘反复发作人群可口服金双歧，金双歧所含肠道益生菌活力组合通过修复肠道生物屏障、调节肠道免疫功能、抑制肠内致病菌生长，促进肠道生理功能恢复正常，有效减轻腹痛、腹胀、腹鸣、大便不成形等慢性肠炎症状。 (3)解痉止痛：阿托品，肌肉注射;或普鲁苯辛，日3次。 (4)止泻剂可选用，次碳酸铋;复方樟脑酊。 (5)精神性腹泻者，可服眠安宁。