抗病毒治疗的最佳时机为患者的免疫清除期，在此期间患者血清HbeAg和HBV-DNA水平显著降低，血清谷丙转氨酶水平升高，肝脏出现活动性炎症。但并非所有的乙肝患者都需抗病毒治疗，对于HbeAg阳性（即通常所称的“大三阳”患者）伴血清HBV-DNA高水平，但血清谷丙转氨酶正常的患者一般暂不考虑治疗，而是予以每3-6月的定期复查。当血清谷丙转氨酶大于正常值2倍持续3-6个月，HBeAg阳性且达到一定水平时应予以抗病毒治疗。