慢性泌尿系统感染伴有严重膀胱输尿管返流，出现明显瘢痕等解剖异常者应予手术矫正治疗，单侧肾盂肾炎伴肾萎缩、高血压、肾功能极差而对侧肾功能良好者，可手术切除病肾，双侧者可考虑肾移植。
泌尿系感染的治疗要使用抗菌药物，应该做到早期用药，彻底治疗泌尿系感染。为防耐药菌株的产生，泌尿系感染的治疗可采用联合用药或交替用药，即每种药物用2～3周后轮换应用，以提高疗效。应根据细菌药物敏感试验，选用有效抗生素。也可先用复方磺胺甲基异恶唑或选用喹诺酮类、氨苄青霉素或羟氨苄青霉素、头孢菌素类等，待检验结果报告后再行调整。其中对于不常复发泌尿系感染，按急性处理。对于反复再发者，急性症状控制后可用SMZco、喹诺酮类的一种，按1/3～1/4的治疗量，每晚睡前服用1次，疗程3～6月。反复多次感染或肾实质已有受损者疗程可延长至1～2年。