气管食管瘘是一种致命性先天畸形，在气管与食道之间有一个连接缺口，唾液及胃液可通过缺口被吸入肺部而至窒息；而食道也不能进行正常的吞咽及消化活动，需要紧急的治疗处理。瘘管所在部位及其类型不同，手术过程也不同。通常，手术切口选在右胸部。切除含有瘘管的食道部分。缝合两断端。通常患儿身体状况很差，手术需分阶段进行：先行胃造口术，排空胃部，防止胃液经瘘管流入肺部；患儿被置于特护病房精心护理，直至他或她情况好转至足以承受瘘管切除及修复食道的手术。术前术后患儿都应被置于新生儿特护病房内精心护理：患儿被置于早产儿保育箱内，吸氧，必要时则需用呼吸机辅助呼吸；静脉输液及止痛药；一旦情况允许，则应尽快开始喂食，这取决于手术范围的大小。留院时间长短取决于手术大小及患儿的身体状况。