鳃裂囊肿常位于颈上部，大多在舌骨水平，胸锁乳突肌上1/3前前缘附近。有时附着于颈动脉鞘的后部，或自颈内、外动脉分叉之间突向咽侧壁。囊肿表面光滑，但有时呈分叶状。肿块大小不定，生长缓慢。患者无自觉症状，如发生上呼吸道感染后可以骤然增大，则感觉不适。鳃裂囊肿穿破后，可以长期不愈，形成鳃裂瘘。根治的方法是手术彻底切除，如遗留残存组织，可导致复发。