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血液系统疾病是白细胞减少症的常见病因，例如再生障碍性贫血、骨髓纤维化、骨髓异常增生综合征（MDS）、急性白血病、骨髓造血停滞等，其特点是除了出现白细胞减少外，常常还同时合并有其他血细胞的减少，如红细胞减少（贫血）和血小板减少。

　　但是，非血液系统疾病是白细胞减少症的更多见病因。首先，严重的感染，特别是病毒性感染可以造成白细胞一过性减低。例如，病毒性感冒后的2周内出现一过性的轻度白细胞减少很常见，重度结核感染也可能出现白细胞减少。感染导致白细胞减少的特点是自限性和一过性，即感染一旦控制，白细胞就会自动恢复正常。其次，药物因素也很常见，目前已知多种药物如止痛药、部分抗生素（如磺胺类）、化疗药和免疫抑制剂等，都有可能引起白细胞减少，一般停药2周后血象都能恢复正常。再次，人体如果缺乏叶酸或维生素B12，也会引起白细胞减少。最后，脾功能亢进和自身免疫性疾病，如系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎等也是其原因。