目前治疗尖锐湿疣主要是以外治为主，内治为辅。外治的方法很多，有药物治疗、冷冻治疗、激光治疗、微波治疗、电烧治疗、手术治疗等。药物治疗方便，易于操作，但一般需要重复数次，而且有些药物，如三氯醋酸，有灼伤粘膜的可能。
一、药物治疗。对于较小较少的损害。
(1)5％5-Fu软膏 5-Fu是一种常用的抗肿瘤药物，它能抑制细胞的增殖，力量较为温和，一般需治疗2～3周。
(2)疣敌：用单孔或多孔的塑料小棒，将0.5％“疣敌”溶液滴于湿疣上，并使药液慢慢渗透到疣基底，点药后的湿疣紫色，待自干后即可，注意点药不可过多，以避免药液流到正常组织。点药4小时后用清水洗去。
(3)醋酸：三氯醋酸是一种强酸，可用来烧灼疣体，一般用于治疗Ⅱ型病变。涂抹前先用棉球醮2％的卡因贴敷于病变局部3￣5分钟后，用棉签醮50％三氯醋酸涂抹病变，使药液达基底部；涂药时注意勿伤及周围健康粘膜组织，经期勿用；每周用药2次。或用20%柳酸冰醋酸外搽。
(4)1-3％的肽丁胺霜 外搽本药，每日2次，无不良副作用，尚可用于阴道内的尖锐湿疣。或先用1：5000过锰酸钾洗净患处，再用霜厚层外涂，并以纱布包扎，每日换药一次。4周为一疗程。力量温和，目前未发现毒副作用，需长期治疗。
(5)疣脱欣（鬼臼毒素溶液） 为新的高效的治疗尖锐湿疣的药物，无刺激性，外用局部，每日1次，连续3～5天即可。
(6)20-25％的足叶草酯酊(或0.5%足叶草脂毒素液)或液体石蜡制剂，直接搽于皮损处。或用20--25%足叶草脂溶于安息香酸酊或矿物油，于局部涂擦。每周用1～2次，不足6周可脱痂痊愈。因其毒性较大，每次的用药量应限制在0.5ml以下，用药面积不得超过10cm2，涂药1-4小时后洗清局部。本药有副作用，局部表现为红斑，糜烂，烧灼痛，严重者可致溃烂和坏死改变。要注意保护周围皮肤粘膜，初次涂药2～4小时后用肥皂水洗去，重复涂药时在6-8小时后也应洗掉，以免烧伤皮肤。有致畸作用，孕妇禁用。搽药时注意保护周围正常皮肤，可预先在正常皮肤上涂用凡士林做预防。此法用后疼痛较重，往往需要用止痛药。可引起全身中毒反应，头晕，嗜睡，昏迷，呕吐等，用量多后有危险，可发生复发性神经炎、感觉异常、发热、白细胞和血小板减少、昏迷甚至死亡。孕妇不得使用。
(7)争光霉素、平阳霉素兑生理盐水，外涂患处，每周用药2～3次。
(8)无环鸟苷膏
(9)保持患处清洁干燥，用3%过氧化氢溶液或1：5000高锰酸钾溶液等清洗。
(10)1-5%氟尿嘧啶霜或2%氟尿嘧啶溶液外搽，每日1次，每次只搽几个病损，以免阴囊和粘膜发生糜烂反应。
(11)0.25%疱疹净软膏，每日2次。连续2周为一疗程。
(12)克疣。目前比较好的外用药品。毒性小，治疗彻底，少留疤痕。（可找安贞医院泌尿科）治愈后3月复查，以防复发。
(12)1%酉丁胺膏涂控，一日三次，坚持6周亦可望治愈。
二、微波治疗。这是进入90年代后兴起的治疗方法。它的原理是利用微波的高频震动，使疣体内部水分蒸发，坏死脱落。微波治疗的特点是，疣体破坏彻底，不易复发，但创面恢复较慢，容易继发感染。所以微波治疗特别适用于治疗疣体较大的，孤立、散在的，同时要远离包皮系带的尖锐湿疣，以防损伤包皮系带，影响男性的性功能。
三、冷冻治疗：液氮或二氧化碳干冰冷冻，使疣组织（即皮肤损害局部）坏死。尖锐湿疣是由于尖锐湿疣病毒的感染，导致皮肤粘膜的良性增生。它有大量的小血管，增殖迅速。用冷冻的方法可使尖锐湿疣内结冰，形成组织局部的高度水肿，从而破坏疣体。冷冻治疗的最大好处是局部不留痕迹，治愈率约70％左右。治疗过程中除局部红肿，疼痛及水疱反应外，一般无明显后遗症。可用喷雾法或直接接触法，适用于平坦较小的疣体。一般每周冷冻1次，连续2～3次。一般月经后治疗。
四、激光治疗：对外阴、肛门周围等表浅的湿疣合适；它的特点是见效快，在治疗的当时，疣体即可脱落。常用的是二氧化碳激光，烧灼疣体，一般1次即可使疣体脱落。但是，由于激光的光束过于集中的原故，激光治疗只适用于疣体较小的尖锐湿疣，如疣体较大，激光治疗很容易复发。治愈率可达80%。
五、电灼治疗：电烧灼是较老的一种治疗方法。过去皮肤科医师常用高频电刀或电烙铁烧灼寻常疣、色素痣及其他皮肤赘生物。它的特点是操作简单，见效快。高频电刀能直接切除和干燥疣体，治疗也较彻底，但是，电烧灼疮面愈合较缓慢。综上所述，电烧灼治疗，可用于任何尖锐湿疣的治疗，但是对施术者的技术要求较高，烧灼太过或不足都是有害的。同时要注意无菌操作，预防感染。高频电刀或电针，对宫颈或阴道较小病损治疗较合适。较大的疣则需分批电灼。
六、手术切除：对带蒂的较大、孤立的疣体可考虑手术切除。尖锐湿疣一般不主张手术切除，因为手术治疗后，尖锐湿疣很容易复发，使治疗失败。但对带蒂的较大的疣体或疑有恶变者，可考虑手术切除。有的患者尖锐湿疣生长过于迅速，或大如菜花，其他治疗十分困难，可考虑手术治疗。为防止复发，术后配合其他治疗。根据疣块、覆盖面积，选择病灶切除或外阴切除。
七、手术刮除法：治疗时左手将病变部位的皮肤或粘膜绷紧，或手持消毒刮匙自根部稍用力将病变组织刮除；关彻底清除创面的残余病变组织，然后用33%三氯醋溶液或纯碳酸溶液或3%氯化铁液涂局部。
八、手术结扎法：适用于单个有蒡的小病灶，局部消毒和局麻后；用镊子将疣组织提起，用止血钳夹根部，再用1号丝线扎基基底部，一般于结扎后3-5天，疣体即可脱落。
干扰素：100万单位天肌肉注射，连续治疗10-14天然后改为每周注射3次，应用4周左右。2、局部注射：采用干扰素在病灶的基底部直接浸润注射，一周2次。
聚肌胞（诱生剂）：一次20mg肌注，第周两次。2-4周为一疗程。

它们各有其适应症，其治愈率在50%～80％之间。须遵医嘱。