本病治疗目前尚主要应用吡喹酮，此药为用于血吸虫、包虫华枝睾吸虫等的广谱抗寄生虫药。口服吸收完全。治疗血吸虫，成人以每日60mg／kg，儿童每日70mg／Kg计，分3次服，连续2日。它在肝与门脉系内浓度最高，使虫体持续痉挛、麻痹而死亡。药物本身在24h内从肾排出，疗效98％～100％。副反应有头晕、眩晕、乏力、出汗、腹痛、恶心、呕吐、皮疹，少数有室性或房性早搏，有心率失常、妊娠、重度贫血及肝肾功能不良应予注意。
近年来蒿甲醚预防血吸虫感染曾有报道，系因青蒿素及其衍生物有抗日本血吸虫童虫的作用，动物实验及疫区实验皆证实对童虫有良好的杀灭作用。一般剂量为每次6mg／kg体重，每半个月服1次，共服3～4次，预防效果较好。
急性血吸虫病高热患者加用短程、中程皮质激素。
晚期血吸虫病的治疗包括抗纤维化的治疗，有报道用桃仁提取物效果较好，也有用虫草菌丝者如心肝宝。秋水仙碱用法为1mg／d，每周5次，持续1—2年。有腹水者可以中西医结合治疗，西药用双氢克尿噻、安体舒通、氮苯碟啶利尿，中药健脾补肾。利尿效果不理想可用多巴胺加速尿腹腔内注射。顽固性腹水可行浓缩回输术。巨脾症采用脾切术有良好疗效，少数采用脾肾静脉分流术以降低门脉高压。