食管克罗恩病的治疗原则基本上同克罗恩病总的治疗原则。目标是及时控制急性发作，维持疾病缓解，努力推迟手术时间，缩小手术范围，提高生活质量。除了有致命性的并发症如食管高度狭窄、化脓性的瘘管或窦道外，基本采用内科治疗。治疗方法主要包括皮质类固醇、氨基水杨酸、免疫抑制药等药物的应用和营养支持治疗。