阿昔洛韦(无环鸟苷)和更昔洛韦(丙氧鸟苷)都是具有高度活性的广谱抗病毒药物，能抑制疱疹病毒多聚酶，对HSV食管炎均有明显疗效。大多可在1周内收效，但大的溃疡的愈合及被覆上皮的修复则需要较长时间。疗程一般2～3周。近年由于病毒发生突变，已出现抗ACV病毒株，可换用膦甲酸钠(foscarnetsodium)，但可导致肾功能不全及血清Ca2+浓度下降，进而引起心脏和神经方面的不良反应。阿糖腺苷(Ara-A)亦具有广谱抗DNA病毒作用，对人类疱疹病毒有抑制作用，10～15mg/(kg?d)静脉缓慢滴注(不得少于12h)，用药期间需注意其神经毒性及骨髓抑制等不良反应。有报道，在免疫功能受损者抗病毒药物与滴度较高的抗病毒人血丙种球蛋白(人免疫球蛋白)合用可获得更好的疗效。如患者伴有念珠菌感染可同时服氟康唑或伊曲康唑连续10天，疗效显著