1.确诊后宜立即手术，因流出的囊液可引起盆腔粘连、不育或异位内膜的再次播散和种植。 2.年轻未生育者在吸引和彻底冲洗吸引溢入盆腔内的囊液后，做囊肿剥出术尽量保存正常卵巢组织，对维持卵巢功能和内分泌功能有助对日后增加孕育机会也有助 3.双侧卵巢受累原则上也尽量做囊肿剥出术，若囊肿与周围组织粘连紧密强行剥出易损伤脏器时则可用无水酒精涂在囊腔内使囊腔内上皮层坏死以免日后复发，术后仍宜用药物治疗。 4.对年龄较大且已有子女对侧卵巢正常、子宫无受累者为避免日后复发也可考虑作患侧附件切除 5.卵巢巧克力囊肿破裂者手术时宜彻底清洗腹腔，尽量切除病灶松解粘连术后关腹前，腹腔内放入庆大霉素8万U，地塞米松5mg玻璃酸酶(透明质酸酶)1000U生理盐水250ml以防术后粘连。 6.术后一般仍宜服用治疗子宫内膜异位症的药物以防止肉眼未能检出的病灶或囊液污染腹腔引起新的播散和种植病灶的产生。 7.药物治疗