牙源性皮瘘的治疗，关键是去除病因。对患牙必须进行彻底的根管治疗，冲洗液最好能加压冲洗，使冲洗液能通过皮瘘处效果更好。皮肤窦道不需要外科刮治，肉芽组织也不需要切除，可随尖周病变愈合而封闭。冠周炎、残根引起皮肤窦道，拔除患牙并刮治牙槽窝后，皮瘘可愈合。患牙不进行认真地根管治疗，只作肉芽组织切除、皮瘘或根尖刮治窦道是不会完全愈合的。