(一)治疗因本病属遗传性疾病，目前尚无根治办法。
1.饮食控制 因氨基酸尿种类不同而异。
(1)胱氨酸尿病：应给予低蛋氨酸饮食。
(2)色氨酸、苯丙氨酸、酪氨酸尿患者：应给予高蛋白饮食，补充烟酰胺;但如出现共济失调及精神症状时应禁食蛋白。
2.水化尿液 多饮水维持多尿(包括夜间)。要保证24h尿量达4L以上，特别强调夜间临睡前饮水，使夜尿量维持在1.5L以上;因为夜间长时间不饮水，尿液高度浓缩，是胱氨酸尿症形成尿路结石的关键。
3.对症治疗
(1)碱化尿液：胱氨酸尿患者可服枸橼酸钠或碳酸氢钠以碱化尿液，目的是增加胱氨酸溶解、防止结石形成。使用剂量应因人而异，维持尿pH在7.5以上。一般开始使用碳酸氢钠1.0g，3次/d，以后随尿pH值变化加以调整。也可使用10%枸橼酸钾，以10ml，3次/d为起始剂量。
(2)静脉输注葡萄糖、口服抗生素等。
4.药物治疗 当尿胱氨酸排泄量过大时(>750mg/d或3mmol/d)，或使用水化与碱化尿液不能有效预防尿路结石时，可考虑使用硫醇衍生物，如D-青霉胺、硫普罗宁(tiopronin)、α-巯基丙酰戊炔甘油(alpha-mercaptopropionylglycine)等，近年还有人试用卡托普利。这类药物与胱氨酸形成高溶解度的二硫化物，大幅度降低尿中游离胱氨酸浓度。但这类药物可引起血清病样反应、一过性粒细胞减少、蛋白尿及可逆性肾病综合征等。
(1)青霉胺：不仅可减少尿中游离胱氨酸，还能防止结石形成。但该药有较大的副作用。可给予硫醇丙酸、甘氨酸、谷氨酰胺、氯氮卓(利眠宁)等药物治疗。
(2)N-乙酰-D-青霉胺：毒性较低，效果与上相同。硫普罗宁(巯基丙酰甘氨酸)作用同青霉胺，但毒性较少。