像其他的抗感染药物治疗一样，多数非典型分枝杆菌对抗结核药物耐药，故至今推荐的药物治疗方案 凭经验来选择。为了治疗的需要，首先必须制定一段观察期来确定病人的稳定程度，决定最佳治疗时机。 　　对坏死组织进行局部和全身抗结核药物治疗，可能对治疗分枝杆菌性巩膜炎和角膜炎有效。药物治疗可考虑分3个级别：一级采用三重药物方案，包括异烟肼 (isoniazid)、利福平(rifampin)、乙胺丁醇(ethambutol)，至少治疗1年以上，该方案适用于巩膜炎病变稳定，分枝杆菌持续培养阳性者。二级治疗包括上述3种药物，每天加链霉素(streptomycin)至少1年。当开始治疗证明有效后，链霉素可减至每周2～3次，该治疗方法适用于巩膜炎呈慢性进展的，对一级治疗无反应或中止一级治疗后复发。三级治疗联合5～6种药物，二级药物加用头孢噻吩(cefoxitin)、乙硫异烟肼(ethionamide)、环丝氨酸(cycloserine)、米诺环素(minocycline)、磺胺甲基异恶唑 (sulfamethoxazole)和其他利福平衍生物。更合理的治疗方案依赖体外药敏试验。