黏液囊肿或黏液脓肿常需要手术处理，并需作患侧鼻窦内容剜出，一旦额筛窦黏液囊肿诊断明确，最好的手术处理，是通过眉区在内上眶缘和骨膜反折之间作内上侧开眶术切口。鼻窦黏膜要完全切除。变性骨质亦要除去同时务必剜除鼻窦之内容，需与鼻腔之间打通并放置引流。操作技术随黏液囊肿部位而作必要的变化。例如一个单纯的筛窦黏液囊肿可作鼻侧切口，而一个额窦黏液囊肿则有必要作一个较大的鼻上方切口处理。若是额窦硬脑膜外黏液囊肿因黏膜与硬脑膜粘连，需协同脑外科手术。若是一个蝶窦黏液囊肿产生压迫性视神经病变，应尽早应用鼻窦镜手术处理。术前和术后要给予广谱抗生素避免继发性感染。手术时应给予细菌培养，随后根据培养结果调整抗生素。