(一)治疗婴幼儿一旦病情稳定，即应该实施根治性手术。有严重肺水肿、低氧血症、低心排量的患婴，早期应予正压通气插管、强心药、利尿药及纠正代谢性酸中毒以稳定病情，等待手术时机。如果可能。则尽量避免行心导管术。以防耽误手术时间、出现其他并发症。现已不再认为球囊房隔造口术是必要的姑息性手术。如异位肺静脉直接入右心房，可打开右心房，切开房间隔，用补片将左右肺静脉全部隔入左心房;如异位开口于冠状窦，切开左心房与冠状窦之间的房间隔组织，随即缝合冠状窦开口以及房间隔缺损，使冠状窦直接引流入左心房;对于心上型或心下型肺静脉异位连接者，将肺静脉总干与左心房之间做大的侧-侧吻合，关闭房间隔缺损，而是否结扎肺静脉回流通道仍存在争议。一些主张开放回流静脉者认为，开放垂直静脉可预防术后早期左心偏小、肺静脉回流受阻情况。且有报道称，结扎下行的静脉通道后，会引起急性肝细胞坏死，故一些外科医生建议不缝合该静脉。
(二)预后若不行手术治疗，本病预后差。对所有类型的此病患者调查显示，80%在生后1年内死亡。合并肺静脉梗阻或存在限制性心房水平交通者，甚至可于生后数周内夭折。手术治疗的效果已有明显改善，患儿病死率从20世纪70年代末期的30%降至80年代末90年代初的不到10%。手术死亡率与患儿术前病情状况密切相关。心下型患儿、术前需用呼吸机、有代谢性酸中毒患儿术后病死率较高。肺静脉梗阻小儿术后早期可出现肺高压，故对于这种患儿，吸入NO有助于扩张肺动脉，降低死亡率。手术后期疗效大多良好。偶尔也可发生晚期肺静脉梗阻，可能与术后组织反应或吻合口狭窄有关，但再次手术、球囊扩张术或用stcnt补片却易造成该处血液反流。少数患儿后期可出现心律失常，包括窦性心动过缓、房扑及室上性心动过速，其中房性心律失常最为常见