某些菌株对氯霉素、链霉素、磺胺药、四环素、卡那霉素和氨苄西林耐药。故宜选用第三代喹诺酮类药物，如氧氟沙星600mg/d，分2～3次口服或静滴。小肠结肠炎耶尔森菌能产生β-内酰胺酶，遇败血症病例，宜选用呋布西林、美洛西林、头孢噻肟和拉氧头孢等耐β-内酰胺酶的抗生素。总疗程3～6周。