治疗取决于病变的大小结构和病变对食管以及邻近结构的损害程度。有症状或巨大食管囊肿应予手术摘除。壁间囊肿可以从食管肌层摘除，解剖一般较容易，而不损伤黏膜或过多损伤肌层。还可经电视胸腔镜方法摘除。成人中囊肿小、无症状者不必手术。婴儿中的食管囊肿常与附近组织粘连及血运丰富使切除困难，可做部分摘除或囊内壁上皮剥除术。