确诊后，治疗方法根据肿瘤大小、范围、深度及淋巴结有无转移而定。一般认为阴道或宫颈透明细胞癌的治疗与中胚层混合瘤或横纹肌肉瘤相似，以根治性手术为主，术后辅以放疗或化疗。
1.手术治疗根治手术包括子宫、阴道切除及盆腔淋巴结清扫，早期病例手术治疗的疗效较好。手术治疗可避免大剂量放疗破坏卵巢功能造成的人工绝经，同时可重建阴道，保持性功能。但如手术不彻底，则易发生转移。herbst认为如肿瘤较大，手术切除时只能紧靠肿瘤边缘，术后易复发，并指出即使i期患者，也有16%发生盆腔转移。
2.放射治疗
(1)局部镭疗：肿瘤直径≤3cm者，常局限于阴道表面，可经阴道镭锭治疗。
(2)局部镭疗及体外照射：病变扩散至邻近组织或大息肉样增生，镭针插入或腔内应用，并加体外照射。阴道肿瘤行体外照射时，最低范围至少包括第5腰椎以上2cm。文献报道阴道上部＞3cm的肿瘤行全子宫及部分阴道切除后，体外照射有良好效果。
(3)远外转移灶的治疗：复发病例常发生肺转移，如为播散性转移，则无法手术切除，可行肺部大面积照射，有一定疗效。
3.化学治疗 复发或晚期病例无法手术、也不能耐受放疗者，采用actfucy方案化疗，有一定疗效。具体用法(表1)：