穿透表明难治性，若应用质子泵阻断剂和HP根治性治疗仍不能愈合者是选择性手术的指征。手术选择迷走神经干切断或近端胃迷走神经切断，或迷走神经切断加胃窦切除。许多外科医生认为穿透是通常代表严重的有害的溃疡病，迷走神经干切断合并胃窦切除优于近端胃迷走神经切断术。然而结论性的数据目前尚未有。 　　若为穿透性DU施行迷走神经切断加胃窦切除，外科医生必须在开始切除前对慢性溃疡的十二指肠的2个结构合并症小心评估。首先检查并判断十二指肠第一部炎症或瘢痕的严重程度，切断这类型的十二指肠会造成十二指肠残端难以缝合或吻合。第二个必须评估的结构改变是十二指肠第一部短缩的严重程度。在严重溃疡病中短缩可如此严重，使壶腹部靠近幽门。在这种情况下，在十二指肠切断时有可能损伤胆总管和壶腹部。有经验的医生将避免在遇到这两种不利于吻合的情况下施行胃窦切除术。我们在这种情况选择PGV。迷走神经干切断加胃空肠吻合(避免做幽门成形)是另一选择，但该手术可造成倾倒综合征和腹泻等不满意的后果。