原发的急性型一般不需要治疗，如病变广泛、症状明显者用酮康唑或氟康唑400mg/d口服，疗程1～2月。慢性型、播散型均需治疗。慢性型先用两性霉素B，每天0.3～0.5mg/kg，1～2月，酮康唑400～600mg/d，维持治疗6～12月。播散型首选两性霉素B治疗，每天0.3～0.5mg/kg，总量2.5g，病情改善后用酮康唑或氟康唑。亦可用氟康唑0.2～0.4g/d，静脉滴注，疗程至少6～8周，酮康唑治疗对艾滋病患者无效。1994年，美国FDA推荐伊曲康唑用于治疗播散型组织胞浆菌病，常用口服剂量为200～400mg/d