非结核分枝杆菌病的治疗仍以目前常用的抗结核药物，如异烟肼利福平，乙胺丁醇吡嗪酰胺和链霉素为主，但耐药率较高。且因机体体质因素等问题故治疗较困难治疗原则为联合、长程药物治疗近年来用于治疗非结核分枝杆菌病的药物尚包括喹诺酮类如环丙沙星(Ciprofloxacin)，氧氟沙星(Ofloxacin)氟罗沙星(Fleroxacin) 大环内酯类，如阿奇霉素(AgithromycinAZ)克拉霉素(clarithromycinCear)头孢菌素类如头孢酊 (Cefoxintin，Cet)头孢克肟(Cefixime)。氨基糖苷类如阿米卡星(丁氨卡那霉素AuiKaciaAM)，卷曲霉素(CapreomycinCap)，庆大霉素(GentamicinGm) 以及利福布汀(Rifabutin，Rb)环丝氨酸(Cycloserin，Cy)和乙硫异烟胺(EthionamideEthion)，此外如亚胺培能南(Imipenen)四环素(TetracyclinesTz)，多西环素(Doxycycline，Dox)对氨水杨酸钠(PAS)和磺胺甲恶恶唑 (Sulfamethoxazole)亦有一定疗效。不同的非结核分枝杆菌有关药物敏感性不尽一致故应针对病原菌结合药敏试验结果考虑2～4药联合治疗方案