本属细菌对部分氨基甙类、青霉素、第一、二代头孢类抗生素不敏感。对新的氨基甙类如奈替米星和第三代头孢类、磺胺甲?唑/甲氧苄啶(SMZ Co)亚胺培南、多黏菌素B和E、万古霉素、四环素、利福平、氯霉素、氨苄西林、羧苄西林敏感,大部分菌对培氟沙星、环丙沙星、氧氟沙星敏感。
本属3种细菌在耐药性上也有差异。去硝产碱杆菌耐药性较强,类产碱杆菌对头孢类与氨基甙类普遍敏感,芳香产碱杆菌介于两者之间。磺胺甲?唑/甲氧苄啶(SMZ Co)不宜与哌拉西林、替卡西林、头孢拉定及亚胺培南等联合使用.因易产生拮抗作用,应予注意。