等孢子球虫病是一种自限性疾病，多数患者虫体可自行被清除。本病目前尚无特效治疗。首选的治疗药物为磺胺甲噁唑/甲氧苄啶(复方磺胺甲噁唑)，成人患者2片/次，4次/d，连服10天后改为2片/次，2次/d，再服用3周。也有人主张磺胺甲噁唑/甲氧苄啶(复方磺胺甲噁唑)2片/次，2次/d，连服5天即可。亦可用呋喃唑酮，100mg/次，4次/d，10天为一个疗程;儿童6mg/(kg·d)，分4次服，疗程同成人。乙胺嘧啶加磺胺嘧啶、伯氨喹加氯喹等均有一定疗效;但甲硝唑、四环素等似乎无效。