男生殖系结核的治疗必须包括全身治疗和男生殖系的治疗。全身治疗与一般的结核病治疗相同。男生殖系治疗包括药物治疗和手术治疗两部分：
（一）药物治疗 男生殖系结核用抗结核药治疗有较好的效果。前列腺及精囊结核均可用药物保守治疗。药物治疗的方法与肾结核相同，采用以异烟肼、链霉素、利福平等为主的两种或三种药联合应用。应用的疗程一般经验为6～12个月。
（二）手术治疗 男生殖系结核的手术治疗主要解决生殖系的附睾结核。附睾结核的解决有助于生殖系其他部位结核（精囊、前列腺）的愈合。手术在附睾病变局限后施行与肾结核相同，在手术前后亦需要给抗结核药物。
附睾切除的适应证：
1．一侧附睾结核。
2．一侧附睾冷脓疡形成。
3．双侧附睾冷脓疡形成。
4．一侧附睾阴囊慢性窦道形成。
5．双侧附睾阴囊慢性窦道形成。
附睾切除时，输精管的切端应尽量高位切断，并移植于皮下，以免缩回，预防残留的输精管内结核病变在阴囊内形成结核性脓疡。在切除附睾时，睾丸应尽量保留，如睾丸已有病变累及，则将病变部分的睾丸一起切除，以保留部分的睾丸功能；若病变已累及大部分睾丸，睾丸无法保留时，则可将睾丸一并切除。
对附睾切除时对侧输精管的处理意见尚不一致。对术前精液常规检查已无精子者，以将对侧输精管结扎为宜。