1.一般治疗：症状明显的患者必须卧床休息，按照肠道传染病消毒隔离。饮食以流质为主。病情好转后改用稀饭、面条等。忌食生冷、油腻及刺激性食物。有失水者应酌情补液。对婴儿失水在体重5%～10%范围，可采用世界卫生组织推荐的口服补液盐溶液(ORS)，每升水中含葡萄糖20g、氯化钠3.5g、碳酸氢钠2.5g、氯化钾1.5g，经我国各地试用近2000例，平均有效率为96.9%。对反复呕吐或严重脱水者，可考虑先静脉补液，尽快改为口服补液。
2.抗菌治疗：近年来EIEC对各种药物及抗生素的耐药性逐年增长，目前对常用抗菌药物如磺胺、链霉素、氯霉素与四环素大多耐药，临床疗效相应降低。细菌可呈多重耐药性。所以对于EIEC抗生素的选择，应根据当地流行菌株药敏试验或患者大便标本培养的结果进行选择，避免无针对性的滥用。在一定地区内注意轮换用药。抗菌药物疗效的考核应以粪便培养阴转率为主，治疗结束时阴转率应达90%以上。常用药物包括下列几种：
(1)喹诺酮类药物：具有抗菌谱广，口服易吸收等优点，近年耐药株逐渐增多，耐药性也可通过质粒介导。对志贺菌感染常用环丙沙星400～600mg/d，分2次或3次口服，疗程3～5天。其他新的喹诺酮类药物，对志贺菌感染也有效。
(2)磺胺甲?唑/甲氧苄啶(复方磺胺甲?唑)：剂量为2片/次，2次/d，疗程7天。根据我们使用结果，治愈率可达95%以上。近年来耐药性逐步增长，疗效有下降趋势。对有磺胺过敏，白细胞减少及肝、肾功能不全者忌用。
(3)抗生素：EIEC对常用抗生素如氯霉素、链霉素、氨苄西林大多均已耐药，部分菌株对多西环素仍然较敏感。多数致病菌体外试验对卡那霉素、庆大霉素仍较敏感，但仅能注射用药，即时效果较好，由于肠壁组织内药物浓度较低，不向肠腔排泌，不易清除细菌，易复发，宜和甲氧苄啶口服合用。国内外的研究表明，头孢菌素类抗生素亦对志贺氏菌有较好的疗效，必要时也可选用。
(4)中药治疗：小檗碱0.3g/次，4次/d，7天为一疗程。或用生大蒜口服，或马苋煎剂口服，或用白头翁汤煎剂口服，均有一定效果。