不同种属厌氧菌对抗菌药物的体外活性见表1，而临床上几乎总是有效的抗厌氧菌药物是甲硝唑(除外某些非产芽孢革兰阳性球菌)、氯霉素、亚胺培南、β-内酰胺类/β-内酰胺酶抑制剂，而通常有效的主要有克林霉素、头孢西丁、头孢替坦、头孢美唑、抗假单胞菌青霉素。目前，用于经验性治疗，青霉素仍被作为治疗厌氧菌肺炎的首选药物。采用大剂量600万～1000万U/d静脉滴注。Levison就克林霉素与青霉素治疗肺脓肿疗效进行前瞻性研究，结果治疗失败人数、复发人数、平均发热和咳脓臭痰的持续时间等方面，克林霉素均优于青霉素。因此，克林霉素亦可作为最初治疗的首选药物，特别是青霉素过敏或病原学确定为耐青霉素细菌感染时。甲硝唑(灭滴灵)对各种厌氧菌均有良好杀菌作用，MIC大多小于0.2μg/ml。甲硝唑0.4～0.6g， 3～4次/d，口服;或1.5g/d静脉滴注，治疗肺部厌氧菌感染效果良好。但在一组单用甲硝唑治疗的28例患者中，12例(43%)治疗失败，故甲硝唑通常联合其他药物(青霉素、克林霉素)。头霉素类和碳青霉烯类抗生素在重症患者可选用。抗菌治疗疗程在无并发症的厌氧菌肺炎为2～4周，坏死性肺炎或肺脓肿为6～12周。