治疗类型取决于疾病发展的阶段，由于第一阶段使用的药物毒性较小，较易服用和疗效较好,对疾病的确诊越早，治愈的前景就越好。疾病第二阶段治疗的成功与否取决于一种能够穿越血脑壁障达及寄生虫的药物。这种药物使用起来更加复杂。为治疗昏睡病已注册了四种药物并通过世卫组织与赛诺菲-安万特公司（喷他脒、硫胂密胺和依氟鸟胺酸）以及拜耳股份有限公司（苏拉明）的私营伙伴关系向流行国免费提供。　　第一阶段治疗:　　喷他脒：于1941年研制，用于治疗布氏冈比亚昏睡病的第一阶段。尽管存在着一些副作用，但是病人对它具有很好的耐受性。　　苏拉明：1921年研制，用于治疗布氏罗得西亚锥虫病。它在尿道中产生一些副作用，并有过敏反应。　　第二阶段治疗:　　硫胂密胺：1949年研制，两种类型的感染均可使用。它是一种胂制剂，副作用很多。最严重的是一种反应性脑病（脑综合症），这种病可致命（3%-10%）。在几个疾病聚集点，特别是中非，观察到对此药抗药性的增强。　　依氟鸟胺酸：这一分子式于1990年注册。它只对布氏冈比亚锥虫病有效。它可作为硫胂密胺的替代品进行治疗。治疗方法严格且难度很大建议到三甲以上综合医院治疗.