男性患阴道毛滴虫病后，50％～90％的患者无明显临床症状。因此，男性患阴道毛滴虫病往往得不到患者应有的重视，加上不少医院由于实验室条件等限制，在临床上被漏诊、误诊的现象比比皆是，这就是为什么有些女性患阴道毛滴虫病后久治不愈的原因所在。因此，只要夫妇有一方罹患阴道毛滴虫病，就应当遵循夫妻同治的原则。
男性感染阴道毛滴虫后，绝大多数无自觉症状，即使出现症状也很轻微。这是因为男性患者排尿时酸性的尿液起了冲洗尿道的作用，把部分阴道毛滴虫排出体外，不利于阴道毛滴虫在尿道里大量生长繁殖。只有少数人发生非淋菌性尿道炎、前列腺炎、附睾炎、膀胱炎，甚至引起不育症。阴道毛滴虫病主要寄生在尿道口、前尿道和后尿道，还可侵犯膀胱、前列腺、附睾。主要症状是尿道内有刺痒的感觉，小便时更明显。感染严重的患者尿道口可有少量脓性分泌物流出，排尿后分泌物消失，伴轻度的尿频、尿急、尿痛，也可引起龟头黏膜红肿、糜烂，包皮充血水肿，自觉疼痛。上述这些典型临床表现，就是由阴道毛滴虫病引起的非淋菌性尿道炎。上述症状如反复不愈，则可引起尿道狭窄。据报道，男性非淋菌性尿道炎患者中大约有5％～15％是由阴道毛滴虫病引起的。