先天性心脏病的手术时间不能以年龄的大小和手术的耐受性而定。一般先天性心脏病极少有自然恢复的,大多数都应该早期手术治疗。有的则随着年龄的增大，并发症会渐渐增多，病情也逐渐加重。即使没有症状，也不要迟疑。若不治疗，有的并发内膜炎、栓塞、出血、高血压，危及生命。因此，先心病手术的最佳时间应该根据患儿的具体病情而定。
最常见的先天性心病室间隔缺损、房间隔缺损、动脉导管未闭等，其手术的时间要视缺损的大小而定，如缺损大，分流量大，肺充血严重，经常伴有心衰、肺炎等并发症，肺动脉高压较重，应及早手术，手术可在婴儿期（1岁以内）甚至新生儿期内进行。