衣原体是一类在真核细胞内专营寄生生活的微生物。属条件致病菌。它在一定条件下能引起子宫颈感染、早产、流产及尿道感染等多种疾病，尤其是在与淋球菌等其他病原体合并感染时更加重疾病的发展及引起其它并发症，在无症状子宫颈和男、女性泌尿系统常有沙眼衣原体的存在，其检出率不一。治疗首选阿齐霉素250mg每日1次，连服7天，或用强力霉素100mg每日2次，连服7日。复方新诺明亦有效。另外近年来新开发的对各领域的感染症广泛使用的新药喹诺酮类，在治疗衣原体方面临床效果较好，其中常用的药物有氧氟沙星（OFIX），环丙沙星（CPFX），洛美沙星，利福平治疗效果也较好。 支原体感染的治疗与衣原体感染基本相同。