腹腔镜下卵巢打孔术或部分切除是多囊卵巢综合征最有效的治疗手段，手术需要精确率高的电子腹腔镜监护，还需要术者操作技术的娴熟精湛，像术中打孔时的大小、多少、深浅、位置等都和后续用药与自身的病情都是直接相关的。早期治疗不但可以防止将来造成不可恢复的肥胖、内膜息肉，月经不调，也有利于将来受孕。术后6个月妊娠率达90%以上。
药物治疗是手术后的辅助手段，单纯应用无效，用药后即使月经能够规律来潮，也不会怀孕，原因是这些药物多是避孕药（如达因35等），最不可取的是停药立刻复发。术后选择适当辅助药物会使激素和代谢很快恢复到正常水平，有时会起到立竿见影效果。
做手术的同时还可以做吸脂术使体型很快恢复，这是微创手术，腹部仅有0.5cm的小口，从住院到出院3-5天，术后可以很快上班。