尽管多数隐球菌感染具有一个自限性,亚急性或慢性过程,但艾滋病病人感染隐球菌则可表现为严重的进行性肺炎,伴有急性呼吸困难,其肺部X线征象类似肺孢子虫感染.弥散性皮肤受累可发生于任何被感染者,引起脓疱丘疹样小结,或溃疡形成,有时像痤疮,传染性软疣或基底细胞癌.播散病灶也可发生在皮下结节,长骨末端,关节,肝,脾,肾,前列腺及其他组织.典型的受累组织含有胶胨状的酵母菌囊块,此乃由隐球菌囊膜多糖堆积而成,但仅有轻微的或无急性炎症的变化,尤其是位于脑部的病变.
　　肺部原发性病变通常无症状,呈自限性.具有正常免疫功能的患者,临床上典型而单一的肺部病变有时可自愈而不发生播散,甚至不需要进行抗真菌治疗.肺炎通常引起咳嗽和其他非特异的呼吸道症状.在罕见的情况下,可发生伴有肾乳头坏死的肾盂肾炎.除皮肤病变外,骨,腹部脏器或其他组织局限性病变几乎无任何临床症状.
　　隐球菌性脑炎的症状多为脑水肿引起,通常无特异性,包括头痛,视觉模糊,精神错乱,抑郁,烦躁不安以及其他行为变化.除眼或面部麻痹外,灶性体征在病程的较晚期时才出现.失明可由脑水肿或视觉传导束直接受累引起.可有低热或不发热.艾滋病病人可有轻微症状或无症状,脑脊液除有许多酵母菌外其他参数可完全正常.但脑脊液蛋白增加和单核细胞淋巴细胞增多常见,也可见嗜中性白细胞显著增多.葡萄糖常偏低,多数病例的脑脊液涂片印度墨染色可见成孢酵母菌形成的窄基芽孢.90%以上的脑膜炎病人的脑脊液和/或血清中,可检测到隐球菌被膜多糖抗原.