外科手术为根治本病的首选方法，应争取在压迫症状或并发症发生前施行。术时先用细针将囊液抽去（慎防囊液外溢），然后将内囊摘除。内囊与外囊仅有轻度粘连，极易剥离，常可完整取出。肺、脑、骨等部位的包虫病亦应行摘除手术。
　　在手术摘除包虫内囊之前，向包虫囊内注入10%福尔马林液以助杀死原头蚴，由于本品对肺部组织具有刺激性和偶有的中毒副作用，故尤其不适用于破裂性肺或肝包虫囊肿。国外有人采用西曲溴胺（cetrimide）杀原头蚴，并认为是毒性低、效果好的理想杀原头蚴剂，用于人体包虫囊摘除术前，分2次注入囊内适量的0.1%Cetrimide，每次历时5分钟，一组10年期间通过378例的手术时应用和手术后观察报告表明，无1例包虫复发，而未用Cetrimide以前，术后包虫复发率为10%。
　　苯并咪唑类化合物是近年来国内外重点研究的抗包虫药物，在动物实验的基础上试用于临床并取得了一定的疗效。按照WHO意见，阿苯达唑和甲苯咪唑均列为抗包虫的首选药物。有作者认为其适应证如下：①继发性腹腔或胸腔包虫病，多发生于原发性肝或肺囊型包虫病并发破裂之后，亦可因包虫手术时保护不严，或因误作诊断性穿刺，致使包虫囊液外溢，继发种植扩散，病变遍及全腹腔或全胸腔，手术难以根除。②多发性或多脏器囊型包虫病，或复发性包虫病，病人不愿或难以接受再（多）次手术。③病者年迈体弱或并存重要器官的器质性疾病，手术耐受性差。④经手术探查或不能根治的晚期肝泡球蚴病，或继发肺、脑转移者，药物治疗可缓解症状，延长存活期。⑤无论囊型或泡型包虫病，化疗作为手术前后辅助用药，可减少复发率，提高疗效。
　　可苯达唑问世后，在治疗包虫病方面有取代甲苯咪唑的趋势，阿苯达唑吸收较好，其血清浓度比甲苯咪唑高100倍。包虫囊液中浓度比甲苯咪唑高60倍。以治疗囊型包虫病时，其剂量每日10～40mg/kg，分2次服，30天为一疗程，可视病情连续数个疗程，其疗程优于甲苯咪唑，尤以肺包虫病为佳。对泡型包虫病国内有人建议长期较大剂量的阿苯达唑治疗，其每日剂量为20mg/kg，疗程可从17月～66月（平均为36月）不等，经长期的随访，发现CT扫描示明显进步，大部分病例原病变区域全部钙化而获痊愈，有效率达91.7%。一般病人对长期治疗均能耐受，未见严重的毒副作用，但治程中宜随访肝、肾功能与骨髓。孕妇忌用。
　　甲苯咪唑国外采用剂量与疗程不一。剂量自每日20～200mg/kg不等，通常以每日40～50mg/kg为宜，分3次口服，疗程1月，休息半月再服另一疗程，一般治疗3个月。也有人认为治疗囊型包虫病者需用药1～6月，而治疗泡型包虫病则需延长疗程，久者可达3～5年。疗效报告不一，部分囊型包虫病患者可望治愈，肺包虫病之疗效优于肝包虫病。甲苯咪唑吸收差，一般空腹服用仅1%吸收，为求提高疗效，服药时应配合脂肪餐，药物容易和脂肪一并吸收，据报告脂肪餐伴服时吸收率可为5%～20%