主要是手术切除，无特效药物。目前试用的有甲苯米唑及丙硫苯唑，有使生发层和原头蚴退化变质的作用，临床上能看到一些疗效，症状有所改善，部分囊肿停止增长或缩小。还有吡喹酮，临床效果不明显，或可在术前应用以减少术后复发。目前药物疗法仅用于多发囊肿无法手术的患者。肺包虫囊肿一般呈进行性生长，能“自愈”的极少，绝大多数迟早将因囊内压力增设而破裂，产生严重并发平，因此要及时确诊并进行手术。
　　手术方法主要有内囊摘除和肺叶切除2种。根据囊肿大小、数目多少、部位、有无并发感染及胸膜是否粘连决定手术方式。术中要注意防止囊肿破裂，囊液外溢入胸腔或胸壁软组织，以免引起包虫病变播散或过敏反应。
　　麻醉：一般全麻气管内插管，如无特殊必要，不用双腔插管，手术间不需要单侧肺萎缩。较大的囊肿，如双腔插管不顺利，操作过程中囊腔有破裂可能。手术过程中囊肿在摘出前都有破裂，有从呼吸道吸入囊液或内囊碎片的危险，要注意。
　　切口：如行肺切除，后外侧剖胸切口，一般从第5肋间或肋床进胸，便于处理肺门。
　　单纯囊肿切除或在较近囊肿处做切口。
　　手术方法：
　　1.内囊完整摘除法开胸分离粘连后，因囊肿多在近周边处，肺表面有时可见到覆盖的纤维蛋白层。摘除前在肺周围用纱布填满覆盖，仅露出准备作切口取囊部位，并准备好有强吸力的吸引器，便于囊腔意外破裂时及时吸出其内容物，避免污染胸腔。然后小心切开囊肿外包绕的肺纤维层，刀稍倾斜，免垂直接切入内囊。因内囊压力较高，外囊切开一小口后，即可见白色内囊壁从切口膨出，延长切口，请麻醉师从气管插管用力打气，借助肺压把内囊腔推出。一般因内外囊间无粘连，可以把囊腔完整取下。内囊取出后，外囊上有细支气管口漏气，先用纱布堵上，然后缝合修补，其残腔壁较多的可切除或内翻，然后缝合，完全消灭残腔。
　　2.内囊穿刺摘除术在囊肿部位周围用纱布涂擦，或用双氧水冲洗以杀灭原头蚴。过去常用甲醛涂抹，有进入支气管漏口发生严重支气管痉挛的可能，现已不用。残腔中有支气管漏气要一一缝合，再从周围至底部全层（较大的可分数次）缝合，消灭残腔。
　　3.肺切除用于囊肿已破裂，肺组织有严重感染，并发支气扩张、肺纤维化、脓胸、支气管胸膜瘘或肺癌不能除外的患者。手术中如有可能最好先游离出支气管，钳夹住，避免术间挤压肺组织时，囊腔破向支气管，引起病变播散或窒息死亡。
　　4.特殊类型包虫病的处理如同时有肝及肺囊肿的，可以一次手术。双侧有病变的先处理病变较大或有并发症的一侧，肺囊肿有支气管胸膜瘘的，先闭式引流，待感染控制，体力恢复后再行肺切除。
　　治疗结果：1979年钱中希报告，胸部手术死亡率0.9%，近年来已无死亡，手术效果良好，个别病例复发，原因为：①术中留下较小的包虫囊肿。②术间囊液外溢，头节脱落，移植复发。③再次感染，复发患者再次行肺切除，效果也多良好