治疗霉菌性阴道炎可以采用单纯西药治疗法，也可以用中西医结合治疗。
(1)一般治疗：积极治疗可以引起霉菌性阴道炎的其他疾病，消除易感因素。保持外阴清洁干燥，避免搔抓。治疗期间禁止性生活。不宜食用辛辣刺激性食品。
(2)改变阴道酸碱度：念珠菌生长最适宜的pH值为5.5，因此采用碱性溶液冲洗外阴、阴道，改变阴道的酸碱度，对霉菌的生长繁殖会有抑制作用。可使用2%～4%的小苏打水冲洗阴道，每日1～2次，2周为1疗程。冲洗后要拭干外阴，保持外阴干燥，以抑制念珠菌的生长。
(3)阴道上药：使用咪唑类栓剂阴道上药，对霉菌性阴道炎有很好的疗效。克霉唑栓每晚1粒，于冲洗后纳入阴道，10～14天为1疗程；或达克宁栓每晚1粒，冲洗后阴道上药，7天为1疗程。
(4)外用药膏：使用克霉唑软膏或达克宁软膏外涂，可以治疗因霉菌感染引起的外阴炎，减轻外阴痒痛的症状。每日外涂数次，应用2周。益肤清软膏是以益康唑为主药，加有少量局部类固醇治疗剂制成，止痒效果良好，对患霉菌性外阴炎、阴道炎外阴痒痛难耐者更适合。外涂外阴，早晚各1次。
(5)口服用药：由于霉菌感染可以通过性生活在夫妻间相互传染，因此可以通过口服用药对双方进行治疗，口服药同样可以抑制肠道念珠菌。氟康唑口服：一次150毫克，顿服。或斯皮仁诺口服：如为初次感染念珠菌阴道炎，每次服200毫克，于早、晚饭后服用，仅服1天；如为复发性霉菌性阴道炎，斯皮仁诺药量需加大，可每次服200毫克，每日1次，连服3天，也可每日服2次，每次100毫克，连服3天。服药均在饭后。
(6)中草药治疗：使用具有清热解毒，杀虫止痒作用的中药煎水，熏洗外阴，既可以减轻症状，又能抑制消灭念珠菌。由于熏洗后患者的外阴痒痛、灼热症状明显减轻，因此更适用于急性霉菌性阴道炎的妇女，可以减轻患者痛苦。另外，将中草药制成散剂或栓剂，还可以进行阴道上药。
处方①：白鲜皮30克 黄柏30克 苦参30克 蛇床子30克 冰片3克
将药物用白布包好，煎煮取汁2000毫升，乘热熏蒸外阴，待药液偏凉后坐浴20分钟，每日1～2次。熏洗前将药包取出晾干，可再使用1次。7天为1疗程。泡洗后阴道纳入克霉唑栓或达克宁栓1粒，外阴涂抹上述药膏。
处方②(《实用皮肤病性病验方精选》)：丁香12克 藿香30克 黄连15克 大黄30克 龙胆草20克 枯矾15克 薄荷15克 冰片1克
本方清热燥湿，杀虫止痒，对白色念珠菌和其他浅部皮肤真菌以及淋病双球菌均有很强的抑杀作用。用法：每天1剂，水煎外洗浸泡外阴1～ 2次，每次30分钟。亦可制成外洗液和外用霜外用。已婚妇女可配合每天用药液冲洗阴道1次。连续用药12天为1个疗程。
处方③(《性病的最新疗法》)：苦参30克 蛇床子30克 龙胆草20克 生百部15克 土槿皮 15克 黄柏15克 地肤子15克
加水2000～3000毫升，煎30～40分钟，去渣，熏洗、坐浴。每晚1次，每次20～30分钟。
处方④(《实用皮肤病性病验方精选》)：苦参30克 蛇床子30克 黄连30克 黄柏30克┐ń10克 枯矾10克 冰片3克
共为细末，消毒备用。用时先用3%苏打水冲洗外阴及阴道，然后取药散适量撒于阴道和外阴，每日1～2次。5次为1个疗程。
应用上述方法治疗后，患者的临床症状会很快得到改善，但这并不能肯定霉菌性阴道炎已经痊愈，患者应该坚持完成治疗疗程，然后到医院复查症状，做妇科检查并化验阴道分泌物，如果都无异常，说明近期治愈。以后每月月经干净后还要到医院复查1次上述检查内容，连续3个月，如果都为阴性，才是彻底治愈。