治疗：
饮食调整：发酵性腹泻应限制碳水化合物；腐败性腹泻应限制蛋白质的摄入。增强肠粘膜的局部防御屏障功能，防止细菌易位，应增加纤维食物。

活菌制剂：目前常用的活菌制剂有嗜酸乳杆菌、保加利亚乳杆菌、乳酸乳杆菌、芽胞乳杆菌、分叉乳杆菌、粪链球菌、大肠杆菌、粪杆菌和枯草杆菌等。其中以分叉乳杆菌制剂疗效最好。
菌群促进剂：口服菌群促进剂，亦可达到扶植正常菌群的目的。如用乳醣扶植在肠杆菌，用叶酸扶植肠球菌，儿童常用分叉杆菌因子促进分叉乳杆菌生长。应用半乳糖甙一果酸，受细菌分解后形成乳酸或醋酸，使pH值降低，抑制其他细菌，而支持乳杆菌生长。