手术治疗是肝内胆管结石的主要治疗方法，手术方法则可根据当时情况和结石所在部位进行选择，可采用切开胆管取石、胆管与肠道吻合引流、以及部分肝切除手术。


经口服的溶石或排石药物对结石的治疗作用有限，特别是在结石已发生梗阻胆管石，继续使用溶石药和排石药可能会延误病情。至于在手术中向胆管内注入各种结石溶剂的方法在临床中由于可能会导致各种并发症而较少采用。


有时在手术后仍保留了T管的情况下，发现胆管内仍有结石或是手术中发现结石位于肝脏内较深的部位，也可通过胆道镜在直视下用取石钳取石网篮等方法，清除胆石。