肝移植最主要的适应症是各种进展性慢性肝病。丙型肝炎、酒精性肝硬化和慢性胆汁淤积性肝病占肝移植病因的2／3左右。越来越多的急性和亚急性肝功能衰竭者、胆道闭锁症患者以及遗传代谢性肝病患者也开始接受肝移植，而因肿瘤行肝移植的病人所占比例则在减少。有争议的适应症包括酒精性肝病、慢性乙型肝炎以及不能切除的肝脏恶性肿瘤。