精液不液化常见的原因是精囊炎和前列腺炎所致前列腺分泌的纤维蛋白溶解酶不足；微量元素（镁，锌等）缺乏；先天性前列腺缺如等。一般认为，前列腺和精囊的分泌物参与了精液的凝固与液化过程，精囊产生的凝固因子引起精液凝固，而前列腺产生的蛋白分解酶、溶纤蛋白酶等精液液化因子使精液液化。一旦精囊或前列腺发生了炎症，可使以上因子的分泌发生障碍，造成凝固因子增多或液化因子减少，形成精液不液化症。
因此，治疗精液不液化症的关键在于根治精囊和前列腺疾病。大多数患者在前列腺和精囊疾病治愈后，精液不液化也会好转。