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自然流产主要有母体和胎儿两方面的原因。母体因素常见的有：急性感染性疾病、子宫发育异常或损伤、黄体功能不全和一些慢性病等。胎儿方面的因素，可以来自父毋双方，父方即由精子的原因引起；母方即由卵子的原因引起。胎儿发育异常中，最常见的是染色体异常，约占30%—60%。此外，还有单基因、多基因的异常，或由环境因素导致的胎儿畸形等，这样的胎儿多未长到足月就死亡流产。