虽然吸入辅舒酮和必可酮气雾剂治疗哮喘可使激素的副作用大大减轻，但如果使用不当如吸入剂量过大或吸入技术掌握不好仍然可以产生某些全身或局部副作用，通常情况下这些副作用均相对较轻，主要可能产生以下副作用。
1.全身副作用：当每日吸入辅舒酮的剂量达每日625-1000微克(5-8揿)或必可酮的剂量达每日1250-2000微克(必可酮250气雾剂5-8揿) 以上时患者才可出现对下丘脑-垂体－肾上腺皮质轴的轻度抑制， 但即使大剂量吸入也明显低于口服激素的抑制作用，对于大多数哮喘患者来讲，吸入辅舒酮500微克或吸入必可酮1000微克，即足以控制症状，所以吸入辅舒酮和必可酮所导致的下丘脑-垂体-肾上腺皮质轴抑制发生率是很低的。
2.局部副作用：
(1)少许患者吸入激素后可有咽部刺激感如咽痛、咽部烧灼感、 重者可有声音嘶哑，甚至反常支气管痉挛，绝大多数患者可通过咽部漱口法来预防和避免，对于有反常支气管痉挛者可通过提前吸入喘乐宁等气雾剂来预防。
(2)局部充血：少许患者可在口腔或咽部出现局部充血， 这多与吸入后没有及时漱口有关。
(3)霉菌性口腔炎：发病率较低， 只要吸入激素气雾剂后及时漱口就可以避免霉菌性口腔炎的发生。