一般可用抗生素软膏或点眼药治疗细菌性感染，症状通常会在用药后的1周内消失。严重的细菌性感染，得用口服抗生素药剂或抗生素针剂治疗，通常得费时6周才会完全复原。

如果对结膜炎不加以治疗，病毒性结膜炎可以在1周之内复原。为了减轻患儿对过敏性结膜炎的不适感，医生会让孩子使用抗炎滴眼剂。平时，父母发现患儿眼睫毛一有粘稠脓汁，应用浸过冷开水的棉花为他擦拭干净。为防止感染蔓延，手部接触患部后，应立刻将手洗净。因为病毒性结膜炎特别容易传染，家中的衣物和毛巾不可混在一起洗。

如果结膜炎患儿能够马上得到治疗，婴儿在出生时发生的感染症状应该很快消失。年龄较大的儿童的炎性或过敏性结膜炎，很少会产生危害终身的视力问题。